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Quand John Verzani, auteur du très bon ouvrage "Using R for Introductory Statistics", écrit un livre sur RStudio, l'environnement de développement dédié à R qui monte, qui monte..., on s'attend forcément à un excellent livre.

Alors, autant le dire tout-de-suite, je trouve que ce manuel est un peu à l'image de l'IDE qu'il décrit : très prometteur, mais encore en version beta et donc perfectible.

Ce court ouvrage, qui ne fait que 80 pages, commence par quelques rappels sur R, sur ce qu'est un IDE, une présentation générale de RStudio, avant de décrire l'installation de RStudio. Seulement voilà, cet outil peut être installé en version client (sur l'ordinateur de tout un chacun), mais également en version serveur, pour pouvoir en profiter depuis un simple navigateur. Et cette partie sur l'installation est trop sommaire à mon goût : l'installation serveur n'est pas du tout abordée (à se demander si l'auteur s'y est essayé...) et renvoie sur la documentation fournie sur le site de RStudio.

S'ensuit un chapitre détaillant une étude de cas, afin de se familiariser l'interface. Ne vous faites pas piéger comme les quelques personnes qui ont déjà émis des critiques plutôt négatives sur ce livre sur le site d'O'Reilly, les fichiers correspondant aux exemples et aux études de cas abordés ici sont disponibles ici. Leurs griefs portent principalement sur le fait qu'ils n'ont pas pu trouver ces sources...

La troisième et principale partie décrit de manière exhaustive la console R et les différents composants de l'environnement interagissant avec cette console. Cette partie est, à mon sens, très bien faite (d'autant plus que le livre a été écrit alors que RStudio comportait moins de fonctionnalités que ce dont il dispose à ce jour). Les nombreuses astuces dont est truffée l'interface sont très bien expliquées.

La quatrième partie reprend l'étude de cas et explique comment transformer les fonctions écrites précédemment en package R, toujours depuis RStudio. Très intéressant pour des utilisateurs avancés qui souhaitent créer leurs propres packages, mais certainement moins pour des débutants.

La dernière partie décrit le fonctionnement de l'éditeur de code source, avec le même souci du détail que dans la troisième partie. S'y ajoute un bref descriptif de la gestion des packages R dans RStudio (module d'installation des packages dans R), avant de terminer par une étude de cas portant sur la génération automatique de rapport via Sweave. Ce dernier point mériterait d'être plus détaillé et pourrait représenter, à lui seul, une partie dans les prochaines versions (cette fonctionnalité étant en cours de développement sous RStudio et à peine ébauchée dans la version de développement sur laquelle a pu se baser l'auteur).

En conclusion, ce livre a un fort potentiel, mais il est pour le moment incomplet. Gageons que les prochaines éditions seront plus riches et plus développées. Enfin, cet ouvrage porte sur l'environnement de développement qu'est RStudio : il n'est pas fait pour apprendre à programmer en R, ni pour apprendre les statistiques.
2 commentaires

Les livres de recettes édités chez O'Reilly m'ont toujours beaucoup plu, parce qu'ils sont une véritable mine de trucs et astuces et permettent de répondre très rapidement aux questions qu'on se pose sur un outil ou un langage donné. Autant dire que c'est avec une certaine impatience que j'attendais celui consacré à R.
Et cet ouvrage répond, une fois encore, parfaitement à mes attentes.

La configuration de R, les éléments du langage et la manipulation des données occupent une grande place dans ce livre (chapitres 1 à 7, ainsi que les divers trucs et astuces présentés dans le chapitre 12). Le seul reproche que je formulerais concerne la connexion aux bases de données, car la recette abordant cette question se cantonne à présenter une librairie d'accès à MySQL, alors qu'une solution plus générique par la librairie RODBC serait applicable à n'importe quel SGBD.
Un chapitre est consacré aux graphiques. Il fournit les bases de la représentation graphique sous R, mais cela reste trop succinct à mon goût. La partie visualisation est l'un des points forts de R, et elle n'est que survolée au travers de ce chapitre. Un second chapitre sur des techniques graphiques un peu plus avancées n'aurait pas été superflu.
Les statistiques constituent le dernier grand volet de l'ouvrage (chapitres 8, 9, 11, 13 et 14). Et là, les recettes sont très bien conçues : elles expliquent non seulement comment répondre à une question en statistiques (quel outil statistique utiliser : statistique descriptive, test, prédiction...), mais également comment répondre à cette question sous R (quelle fonction utiliser ? Comment exploiter les résultats qu'elle retourne ?). Ainsi, le chapitre sur les régressions linéaires et l'analyse de variance est très enrichissant, tant pour le novice en statistiques que pour le débutant sous R.

Chaque recette est présentée de manière concise, claire, avec une solution bien expliquée, et une ouverture quasi systématique pour approfondir la question, à la fin de la recette. Les solutions présentées privilégient systématiquement les fonctions standard de R, mais les librairies permettant d'approfondir la question sont souvent mentionnées.

Finalement, ce livre s'adresse à toute personne qui connait un peu R et souhaite accélérer le développement de ses connaissances, tout autant qu'à celui qui a des connaissances en statistiques et souhaite comprendre comment effectuer des analyses avec R. L'utilisateur plus avancé y trouvera de quoi se rafraichir la mémoire sur tel ou tel point, ou quelle piste creuser pour accroître ses connaissances.
Il ne permet pas un apprentissage à lui seul de R, mais, associé à l'ouvrage "R in a NutshellR in a Nutshell" chez le même éditeur, voilà de quoi avoir à portée de main de solides références pour tirer parti de la puissance de R.

R est souvent présenté comme un logiciel libre dédié aux statistiques. Mais ce puissant outil va en réalité bien plus loin, offrant un langage de programmation complet permettant de manipuler, traiter et représenter graphiquement des données.

Et cet ouvrage met parfaitement en valeur tous les avantages et les points forts de R.
En effet, après une première partie relativement brève apportant les bases de R (installation, tutoriel pour démarrer, présentation des paquetages), on entre rapidement dans le vif du sujet, avec une présentation très complète des éléments du langage R. La syntaxe, les notions d'objets (y compris les objets de classes S4) et d'environnements, ainsi que l'écriture des fonctions sont décrites très précisément, avec des exemples concrets et simples à reproduire.

La troisième partie, portant sur le traitement des données, constitue, à mon sens, le cœur de l'ouvrage. On y découvre l'import de données sous R (que ce soit à partir de fichiers textes ou par connexion à des bases de données), la manipulation et la transformation de ces données, et enfin, point fort du logiciel, leur représentation graphique. Là encore, tous ces sujets sont traités en profondeur et très bien illustrés.

Bien évidemment, un ouvrage dédié à R se doit de présenter les outils statistiques mis à disposition. La dernière partie du livre décrit donc les principaux outils, sans entrer dans les théories statistiques, mais en expliquant comment résoudre les grandes questions que l'on est souvent amené à se poser : statistiques descriptives, tests, régressions et ajustement de modèles... Pour chacune de ces questions, les fonctions utilisables et les résultats qu'elles produisent sont parfaitement décrits.
Notons la présence, en fin de livre, d'une annexe volumineuse référençant les fonctions des principaux paquetages de R, très utile pour trouver rapidement un complément d'information sur telle ou telle fonction, voire pour rapidement trouver la fonction à utiliser pour résoudre une question.

On commence à trouver un nombre important d'ouvrages sur R, mais, jusque-là, il m'était difficile d'en trouver un qui présente tous les aspects de R, sans se cantonner au seul domaine des statistiques. Et bien R in a Nutshell réussit parfaitement ce tour d'horizon complet des fonctionnalités de R.

Le seul regret que je peux exprimer, et qui fait que cet ouvrage ne reçoive pas la note maximale, est qu'il est parsemé de quelques « coquilles » (souvent référencées sur la page du livre sur le site de l'éditeur), certaines pouvant parfois gêner la bonne compréhension.

Néanmoins, c'est un livre référant à toujours garder près de soi quand on débute ou qu'on travaille avec R.