R et espace

Pour approfondir les méthodes abordées dans le manuel, voici une bibliographie indicative classée par thèmes. Cette liste reste volontairement très brève au regard de la très vaste littérature existant sur l'analyse de données et le logiciel R.

Programmation

BAATH R. (2012) “The state of naming conventions in R”, The R Journal, Vol. 4/2, pp.74-75.

CHAMBERS J.M. (2008) Software for data analysis. Programming with R, Springer.

GENOLINI CH. (nd) Petit manuel de S4. Programmation orientée objet sous R, http://christophe.genolini.free.fr/webTutorial/index.php.

MUENCHEN R. (2008) R for SAS and SPSS users, Berlin, Springer.

MUENCHEN R., HILBE J.M. (2012) R for Stata users, Berlin, Springer.

WICKHAM H. (2014), Advanced R, http://adv-r.had.co.nz.

WICKHAM H. (2011), “The split-apply-combine strategy for data analysis”, Journal of Statistical Software, vol.40, num.1, pp. 1-29.

Analyse statistique

CORNILLON P.-A., MATZNER-LØBER E. (2011) Régression avec R, Paris, Springer.

DUMOLARD P., DUBUS N., CHARLEUX L. (2003) Les statistiques en géographie, Presses Universitaires de Rennes.

HUSSON F., LÊ S., PAGÈS J. (2009) Analyse de données avec R, Presses Universitaires de Rennes.

LEBART L., MORINEAU A., PIRON M. (1995) Statistique exploratoire multidimensionnelle, Dunod.

SANDERS L. (1989) L'analyse statistique des données en géographie, Montpellier, Alidade-RECLUS.

Analyse de graphes

BARTHELEMY M. (2011) “Spatial Networks”, Physics Reports, vol.499, pp.1-101, http://arxiv.org/abs/1010.0302.

GROUPE FMR (2010-2013) Synthèses, http://halshs.archives-ouvertes.fr/FMR.

HANNEMAN, R.A., RIDDLE M. (2005) Introduction to social network methods, Riverside, University of California, http://faculty.ucr.edu/~hanneman.

NEWMAN M. (2010) Networks: an introduction, Oxford, Oxford University Press.

WASSERMAN S., FAUST K. (1994), Social network analysis. Methods and applications, Cambridge, Cambridge University Press.

Visualisation graphique et cartographique

B ÉGUIN M., PUMAIN D. (2000) La représentation des données géographiques, Paris, Armand Colin.

CHEN C., HÄRDLE W., UNWIN A. (dir.) (2008) Handbook of data visualization, Berlin, Springer.

TUFTE E. R. (1983) The visual display of quantitative information, Cheshire, Graphics Press.

WICKHAM H. (2011), “Graphical criticism: some historical notes”, Journal of Computational and Graphical Statistics, vol.22, num.1, pp. 38-44, http://vita.had.co.nz/articles.html.

ZANIN CH., TRÉMÉLO M.-L. (2003) Savoir faire une carte. Aide à la conception et à la réalisation d'une carte thématique univariée, Paris, Belin.

Analyse spatiale

ANSELIN L. (1995) “Local indicators of spatial association”, Geographical analysis, 27/2, pp.93-115.

B IVAND R.S., PEBESMA E.J., Gómez-Rubio V. (2008) Applied spatial data analysis with R, Springer.

PUMAIN D., S AINT-JULIEN TH. (2010) L'analyse spatiale. Les localisations, tome 1, 2^e éd., Paris, Armand Colin.

PUMAIN D., S AINT-JULIEN TH. (2010) L'analyse spatiale. Les interactions, tome 2, 2^e éd., Paris, Armand Colin.

ZANINETTI J.-M. (2005) Statistique spatiale : méthodes et applications géomatiques, Paris, Hermès Science Publications.

Un certain nombre packages sont installés et chargés tout au long de la progression du manuel. En voici la liste exhaustive accompagnée d'une brève description. Lorsqu'un package est utilisé dans le manuel pour une utilisation unique et très spécifique, seule cette information est donnée, c'est le cas par exemple du package ICSNP :

• ade4 : analyse géométrique des données multivariées
• classInt : discrétisation des variables continues
• cluster : méthodes de classification
• dplyr : manipulation des données
• FactoClass : analyse géométrique des données multivariées
• fields : outils pour le traitement de données spatiales
• ggplot2 : représentations graphiques et cartographiques
• HistData : jeux de données historiques
• Hmisc : mélanges de fonctions courantes
• ICSNP : calcul du point médian
• igraph : analyse de graphes
• mapproj : gestion des systèmes de projection des données spatiales
• maptools : outils de cartographie
• plyr : manipulation des données
• raster : traitement et affichage de données raster
• rCarto : outils de cartographie
• RColorBrewer : création de palettes de couleur
• reshape2 : transposition individus-variables
• rgdal : manipulation des objets spatiaux
• rgeos : manipulation des objets spatiaux
• scales : format des axes des graphiques
• sp : manipulation des objets spatiaux
• spdep : statistiques spatiales
• sqldf : exécution de requêtes SQL