R pour les sociologues (et assimilés)
Partie 10 Où trouver de l'aide▲
Aide en ligne▲
R dispose d'une aide en ligne très complète, mais dont l'usage n'est pas forcément très simple. D'une part, car elle est intégralement en anglais, d'autre part, car son organisation prend un certain temps à être maîtrisée.
Aide sur une fonction▲
La fonction la plus utile est sans doute celle qui permet d'afficher la page d'aide liée à une ou plusieurs fonctions. Celle-ci permet de lister les arguments de la fonction, d'avoir des informations détaillées sur son fonctionnement, les résultats qu'elle retourne, etc.
Pour accéder à l'aide de la fonction mean, par exemple, il vous suffit de saisir directement :
R> help("mean")Ou sa forme abrégée :
?meanChaque page d'aide comprend plusieurs sections, en particulier :
- Description donne un résumé en une phrase de ce que fait la fonction ;
- Usage indique la ou les manières de l'utiliser ;
- Arguments détaille tous les arguments possibles et leur signification ;
- Value indique la forme du résultat renvoyé par la fonction ;
- Details apporte des précisions sur le fonctionnement interne de la fonction ;
- Note pour des remarques éventuelles ;
- References pour des références bibliographiques ou des URL associées ;
- See Also très utile, renvoie vers d'autres fonctions semblables ou liées, ce qui peut être très utile pour découvrir ou retrouver une fonction dont on a oublié le nom ;
- Examples série d'exemples d'utilisation.
Les exemples peuvent être directement exécutés en utilisant la fonction example :
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R> example(mean)
meanR> x <- c(0:10, 50)
meanR> xm <- mean(x)
meanR> c(xm, mean(x, trim = 0.10))
[1] 8.75 5.50
meanR> mean(USArrests, trim = 0.2)
Murder Assault UrbanPop Rape
7.42 167.60 66.20 20.16
Naviguer dans l'aide▲
La fonction help.start permet d'afficher le contenu de l'aide en ligne au format HTML dans votre navigateur Web. Pour comprendre ce que cela signifie, saisissez simplement :
R> help.start()Ceci devrait lancer votre navigateur favori et afficher une page vous permettant alors de naviguer parmi les différentes extensions installées, d'afficher les pages d'aide des fonctions, de consulter les manuels, d'effectuer des recherches, etc.
À noter qu'à partir du moment où vous avez lancé help.start(), les pages d'aide demandées avec help("lm") ou ?plot s'afficheront désormais dans votre navigateur.
Si vous souhaitez rechercher quelque chose dans le contenu de l'aide directement dans la console, vous pouvez utiliser la fonction help.search, qui renvoie une liste des pages d'aide contenant les termes recherchés. Par exemple :
R> help.search("logistic")Ressources sur le Web▲
De nombreuses ressources existent en ligne, mais la plupart sont en anglais.
Moteur de recherche▲
Le fait que le logiciel s'appelle R ne facilite malheureusement pas les recherches sur le Web… La solution à ce problème a été trouvée grâce à la constitution d'un moteur de recherche ad hoc à partir de Google, nommé Rseek :
Les requêtes saisies dans Rseek sont exécutées dans des corpus prédéfinis liés à R, notamment les documents et manuels, les listes de discussions ou le code source du programme.
Les requêtes devront cependant être formulées en anglais.
Ressources officielles▲
La documentation officielle de R est accessible en ligne depuis le site du projet :
Les liens de l'entrée Documentation du menu de gauche vous permettent d'accéder à différentes ressources.
Les manuels sont des documents complets de présentation de certains aspects de R. Ils sont accessibles en ligne, ou téléchargeables au format PDF :
On notera plus particulièrement An introduction to R, normalement destiné aux débutants, mais qui nécessite quand même un minimum d'aisance en informatique et en statistiques :
R Data Import/Export explique notamment comment importer des données depuis d'autres logiciels :
Les FAQ regroupent des questions fréquemment posées et leurs réponses. À lire donc ou au moins à parcourir avant toute chose :
La FAQ la plus utile est la FAQ généraliste sur R :
Mais il existe également une FAQ dédiée aux questions liées à Windows, et une autre à la plate-forme Mac OS X.
Les manuels et les FAQ sont accessibles même si vous n'avez pas d'accès à Internet en utilisant la fonction help.start() décrite précédemment.
Le Wiki est un site dont les pages sont éditées par les utilisateurs, à la manière de Wikipédia. N'importe quel visiteur du site peut ainsi rajouter ou modifier des informations sur tel aspect de l'utilisation du logiciel :
R-announce est la liste de diffusion électronique officielle du projet. Elle ne comporte qu'un nombre réduit de messages (quelques-uns par mois tout au plus) et diffuse les annonces concernant de nouvelles versions de R ou d'autres informations particulièrement importantes. On peut s'y abonner à l'adresse suivante :
R Journal est la « revue » officielle du projet R, qui a succédé début 2009 à la lettre de nouvelles R News. Elle paraît entre deux et cinq fois par an et contient des informations sur les nouvelles versions du logiciel, des articles présentant des extensions, des exemples d'analyse... Les parutions sont annoncées sur la liste de diffusion R-announce, et les numéros sont téléchargeables à l'adresse suivante :
Autres documents
On trouvera de nombreux documents dans différentes langues, en général au format PDF, dans le répertoire suivant :
Parmi ceux-ci, les cartes de référence peuvent être très utiles, ce sont des aides-mémoire recensant les fonctions les plus courantes :
On notera également un document d'introduction en anglais progressif et s'appuyant sur des méthodes statistiques relativement simples :
Pour les utilisateurs déjà habitués à SAS ou SPSS, le livre R for SAS and SPSS Users et le document gratuit qui en est tiré peuvent être de bonnes ressources, tout comme le site Web Quick-R :
Revue▲
La revue Journal of Statistical Software est une revue électronique anglophone, dont les articles sont en accès libre, et qui traite de l'utilisation de logiciels d'analyse de données dans un grand nombre de domaines. De nombreux articles (la majorité) sont consacrés à R et à la présentation d'extensions plus ou moins spécialisées.
Les articles qui y sont publiés prennent souvent la forme de tutoriels plus ou moins accessibles, mais qui fournissent souvent une bonne introduction et une ressource riche en informations et en liens.
Adresse de la revue : http://www.jstatsoft.org/.
Ressources francophones▲
Il existe des ressources en français sur l'utilisation de R, mais peu sont réellement destinées aux débutants, elles nécessitent en général des bases à la fois en informatique et en statistiques.
Le document le plus abordable et le plus complet est sans doute R pour les débutants, d'Emmanuel Paradis, accessible au format PDF :
La somme de documentation en français la plus importante liée à R est sans nul doute celle mise à disposition par le Pôle bioinformatique lyonnais. Leur site propose des cours complets de statistique utilisant R :
La plupart des documents sont assez pointus niveau mathématiques et plutôt orientés biostatistique, mais on trouvera des documents plus introductifs ici :
Dans tous les cas la somme de travail et de connaissances mise à disposition librement est impressionnante…
Enfin, le site de Vincent Zoonekynd comprend de nombreuses notes prises au cours de sa découverte du logiciel. On notera cependant que l'auteur est normalien et docteur en mathématiques…
Où poser des questions▲
La communauté des utilisateurs de R est très active et en général très contente de pouvoir répondre aux questions (nombreuses) des débutants et à celles (tout aussi nombreuses) des utilisateurs plus expérimentés.
Dans tous les cas, les règles de base à respecter avant de poser une question sont toujours les mêmes : avoir cherché soi-même la réponse auparavant, notamment dans les FAQ et dans l'aide en ligne, et poser sa question de la manière la plus claire possible, de préférence avec un exemple de code posant problème.
Liste R-soc▲
Une liste de discussions a été créée spécialement pour permettre aide et échanges autour de l'utilisation de R en sciences sociales. Elle est hébergée par le CRU et on peut s'y abonner à l'adresse suivante :
Grâce aux services offerts par le site gmane.org, la liste est également disponible sous d'autres formes (forum Web, blog, NNTP, fils RSS) permettant de lire et de poster sans avoir à s'inscrire et à recevoir les messages sous forme de courrier électronique.
Pour plus d'informations :
Forum Web en français▲
Le Cirad a mis en ligne un forum dédié aux utilisateurs de R, très actif :
Les questions diverses et variées peuvent être posées dans la rubrique Questions en cours :
Il est tout de même conseillé de faire une recherche rapide sur le forum avant de poser une question, pour voir si la réponse ne s'y trouverait pas déjà.
Canaux IRC (chat)▲
L'IRC, ou Internet Relay Chat est le vénérable ancêtre toujours très actif des messageries instantanées actuelles. Deux canaux sont dédiés aux échanges autour de R, l'un en anglais (#R) et l'autre en français (#Rfr).
Si vous avez déjà l'habitude d'utiliser IRC, il vous suffit de pointer votre client préféré sur Freenode (irc.freenode.net) puis de rejoindre l'un des canaux en question.
Sinon, le plus simple est certainement d'utiliser l'interface Web de Mibbit, accessible à l'adresse :
Dans le champ Connect to IRC, sélectionnez Freenode.net, puis saisissez un pseudonyme dans le champ Nick et le nom du canal dans le champ Channel (#R ou #Rfr). Vous pourrez alors discuter directement avec les personnes présentes.
Les deux canaux IRC dédiés à R sont normalement peuplés de personnes qui seront très heureuses de répondre à toutes les questions, et en général l'ambiance y est très bonne. Une fois votre question posée, n'hésitez pas à être patient et à attendre quelques minutes, voire quelques heures, le temps qu'un des habitués vienne y faire un tour. Le canal #Rfr, en particulier, n'est pour le moment pas extrêmement actif.
Listes de discussion officielles▲
La liste de discussion d'entraide (par courrier électronique) officielle du logiciel R s'appelle R-help. On peut s'y abonner à l'adresse suivante, mais il s'agit d'une liste avec de nombreux messages :
Pour une consultation ou un envoi ponctuels, le mieux est sans doute d'utiliser les interfaces Web fournies par gmane :
R-help est une liste avec de nombreux messages, suivie par des spécialistes de R, dont certains des développeurs principaux. Elle est cependant à réserver aux questions particulièrement techniques qui n'ont pas trouvé de réponses par d'autres biais.
Dans tous les cas, il est nécessaire avant de poster sur cette liste de bien avoir pris connaissance du posting guide correspondant :
Plusieurs autres listes plus spécialisées existent également, elles sont listées à l'adresse suivante :